Поздно вечером в четверг, 19 ноября 2009 года, около 23 часов в храм апостола Фомы на Кантемировской улице г. Москвы ворвался неизвестный в маске, перчатках и с оружием в руках. Только что закончилась вечерняя исповедь. Иерей Даниил Сысоев часто задерживался в маленьком деревянном храме на юге Москвы. Неизвестный с акцентом, выдававшем в нём мусульманина, грубо прокричал, держа на прицеле курок:»Кто здесь Сысоев?».

Первым из алтаря вышел регент церковного хора Владимир Стрельбицкий, которому досталась первая пуля. Затем навстречу своему убийце вышел о.Даниил. Незнакомец выпустил ещё две пули, одну из них — в сердце. После чего, на глазах шокированных происходящим немногочисленных прихожан и работников храма, вышел и направился в сторону метро.
Около полуночи раненых настоятеля храма и регента церковного хора привезли в больницу. Владимир выжил после операции. Отец Даниил в 00.15 20 ноября 2009 года скончался на операционном столе

Я лично знал священника Русской Православной церкви Даниила Сысоева на протяжении первых 2,5 лет Московского периода моей жизни. Далеко не со всем я был с ним согласен, имел возможность общаться вживую. Даже пару раз сидел с ним за одним столом.
Хочу отметить следующие моменты. Несмотря на критическое отношение к ряду высказываний убитого за Христа иерея Даниила Сысоева, свидетельствую:
1) В «нулевые годы» он остановил мусульманскую проповедь среди славянской молодежи России (после того, как 2 или 3 священника МП РПЦ открыто перешли из православия в ислам).
2) Он очень критически оценивал Санкт-Петербургскую духовную школу, называя её «западнической» и склонной к экуменизму (в антихристианском смысле этого термина). В противовес он приводил Московскую духовную школу с её святоотеческими традициями.
3) Он считал, что митрополит Кирилл (Гундяев), ставший в последний год жизни о.Даниила патриархом, является представителем модернистского течения в Русской Православной церкви.

О.Даниила не дали похоронить за оградой алтаря основанного им храма, под предлогом того, что не вся земля, которую занимал приход, была согласована для строительства большого храма. Кроме того, за несколько месяцев до гибели иерея Даниила Сысоева, одна известная представительница мусульманской диаспоры в Москве обратилась с заявлением о возбуждении против него уголовного дела по ст.282(«экстремизм») УК РФ, за «разжигание ненависти» по отношению к исповедующим ислам.
Отцу Даниилу многократно угрожали по телефону. На него готовилось три покушения: первое было сорвано сотрудниками ФСБ, во время второй попытки его просто не оказалось в храме. И только третья попытка была доведена до конца.
«Смертный приговор» священнику Даниилу вынес чеченский полевой командир Саид Бурятский, невзирая на запрет мусульманских старейшин на убийство. Ибо была изучена его родословная, установлено, что по материнской линии он является потомком первой жены Мухаммеда.
Но в отместку за крещение чеченца из числа вакхабитов обращённый из бурятов в ислам вышеуказанный полевой командир приказал убить о.Даниила.
Через несколько месяцев неизвестный убийца, ворвавшийся в храм поздним вечером 19 ноября 2009 года, был ликвидирован на одном из блок-постов в Дагестане. «Смертный приговор» был вынесен старейшинами, которые запрещали убивать потомка первой жены Мухаммеда, несмотря на его проповедь против ислама.